２００２年，邹巨元担任钟水中学校长。６年时间里，在他的带领下，钟水中学取得了一项又一项可喜的成绩，学校先后被评为“郴州市园林式单位”、“郴州市规范教育收费示范学校”、“校本教研先进单位”、“教育科研先进单位”、“师生综合素质大赛先进单位”、“教师专业考试人平综合成绩优胜单位”，连续三年学校荣获综合目标管理考核一等奖、初三毕业会考“一平二率”优秀单位。

作为一名校长，邹巨元深知自己既是学校的管理者又是学校的教育工作者，因而在工作中，他时时处处为师之表，率先垂范。凡是要求老师做到的，他自己首先做到。他知道当了校长，只是职务发生了变化，但教书育人的本色依然不能改变。一直以来，他以教员的身份战斗在教学第一线，备课、上课，课后辅导学生，做学生的思想工作，样样仔细、认真，所教的生物课深受学生的欢迎。在教书育人的同时，邹巨元积极投身于教研教改中，自觉参加每周的科组教研活动，每期听课不少于３０节。在邹巨元勤奋务实的工作作风影响下，全校教师纷纷投入到教研教改工作中，该校教育科研活动空前高涨，综合教研组向市教育学会申报的《面向全体，因材施教》课题获得立项，填补了该校办校以来市级课题项目的空白。一大批教师的教研教改论文先后获得国家、省、市、县一等奖。他本人撰写的论文《新课改理论下的成才与特色教育》发表于人民教育教研年鉴，《生物教师应如何面对创新教育》发表于当代教育参考杂志并获一等奖。

 “担任一种职务，就是承担一种责任。”邹巨元经常说。担任校长以来，他把主要精力都用在思考学校如何发展的问题上，他审时度势，立足校情，综合当前教育发展的趋势，确立了“打造特殊学校、品牌学校，改善育人环境，提高办学水平”这样一个总体目标。建立健全各项规章制度，充分调动每一位教职员工的积极性和主动性，使学校呈现出“团结奋进、和谐发展”的良好势头，教育教学秩序稳步推进。

明明白白做事，堂堂正正做人，是邹巨元为人处事的基本原则。对于学校的重大开支、重大决策，均由班子成员会议讨论后再作决定，并充分发挥教代会作用，实行校务公开、，财务公开，自觉接受全体教职工的监督。他时常告诫自己：身为一名党员干部，只有树立清正廉洁的党员形象，才能挺直腰杆说话，他是这样说的，也是这样做的。从２００２年担任学校负责人以来，他未报一分差旅费和电话费。正是有了这样的领头雁，学校各项工作都开展得非常顺利，也深得上级领导的好评。